При выборе значения непрозрачности для инструмента не забудьте умножить это число на значение непрозрачности слоя, на котором вы работаете. Например, если вы выбрали непрозрачность 60% для инструмента
Brush
и при этом работаете на слое с непрозрачностью 50%, то в результате штрих кисти будет иметь 30% непрозрачности.